Магистратура является второй ступенью высшего образования, продолжительность обучения составляет 2 года. План набора в магистратуру – 10 человек. Кафедра осуществляет подготовку магистров по дневной форме обучения по направлению 13.04.01 – Теплоэнергетика и теплотехника. Магистерская программа 13.04.01.02 – Энергоэффективные технологии производства тепловой и электрической энергии (Руководитель программы – д.т.н., профессор Евгений Анатольевич Бойко).